Как закрыть доступ к сайту по IP в Nginx
htaccess
block access by ip address
Если при вводе в адресную строку ip адреса вашего сервера вы видите один из ваших сайтов — это не есть хорошо.
Закрываем в /etc/nginx/nginx.conf (на примере centos) и перед первым блоком server добавляем
и убираем аргумент default_server из других блоков.